经过几十年的努力，我国打蛋机产业取得了一定的成绩，但和打蛋机产业发达国家相比，我国打蛋机产业在宏观管理、疫病防控、良种繁育技术、消费引导等层而仍存在较大的差距，也存在着一些比较突出的问题。
1. 产业进入门槛低。生产规模小，过度竞争严重
我国鸡蛋行业长期以来缺乏明确的国家标准，市场准入制度缺位，很多从业者，特别是散户和小规模生产者，为片面追求眼前利益，阶段性低水平涌入，盲目性和从众性行为特点突出，行业主流受到严重冲击，养鸡利润持续降低。加之鸡蛋品质只能依靠仪器进行鉴定，在没有明确统一的国家标准、检测监管制度不完善的情况下，完全依靠市场的自由竞争，养殖过程简单、养殖环境较差、养殖成本较低的低质低价鸡蛋畅销，许多优质鸡蛋反而无法获得优价，鸡蛋市场“劣币驱逐良币”现象严重。一些生产环境和工艺通过国际标准认证的大规模打蛋机养殖企业，投入很高成本建立起来的高端优质鸡蛋产品市场，经受不住一些“以次充好”从业者的冲击。由于行业进入门槛较低，政府管理缺乏量化标准，加之消费者信息不对称，自由市场竞争的结果，必然使真正的优质鸡蛋迫于成本和利润的压力，难以为继，有的甚至不得不退出市场。尤其是对于走品牌化发展道路的企业，要坚守高质量的生产，就必须要付出高昂的成本，但市场价格的限制使企业不得不压缩利润空间，保证高品质鸡蛋的生产成为企业最大的软肋。
2. 品种单一，生产水平较低
(1)就品种而言  调研中了解到目前国内主导打蛋机品种是海兰，占到80%以上，其他是罗曼、依莎、海赛、尼克等，占到20%，品种相对单一。同时，我国打蛋机品种长期依赖进口，种源大多掌控在外企手中，未能充分利用国内鸡种资源，且浪费了大量外汇，因而我国打蛋机品种的自主创新能力亟待提高。此外，我国良种扩繁体系跟养殖户的关系松散，责任不明确，造成个别场家以次充优，生产冒牌产品，扰乱了市场秩序。
(2)就生产水平而言  虽然我国鸡蛋数量居世界首位，但因各地环境、设施等条件的不配套，生产规模差距较大，打蛋机生产水平差异较大。且由于我国打蛋机生产方式比较落后、规模化程度不高、先进适用技术的成果转化率低，使得一些鸡蛋生产水平远低于世界发达国家的水平。目前，在我国一般生产条件下，每只打蛋机年产蛋15～16kg，料蛋比为2.6～2.8:1，死亡淘汰率为20%～30%，而发达国家每只打蛋机年产蛋17～18kg，料蛋比为2.3:1，死亡淘汰率为1%。可见和发达国家相比，我国打蛋机生产水平提高的潜力很大。
3. 打蛋机生产中疫病防治问题突出，防疫体系有待改善
疾病成为影响我国打蛋机产业可持续发展和效益提高的主要因素。近年打蛋机疾病病原体不断变异进化，细菌感染和寄生虫病不断出现，混合感染成为疾病发生的主流,有些病原体感染和发病还可引起免疫抑制，使打蛋机群频繁发病，轻的影响健康和生产性能，严重的造成死亡，危害极大。目前，我国打蛋机饲养场(舍)的布局弊端颇多，使用年代越长的鸡场(舍)，污染环境越严重，尤其是一些养殖大村、大户。庭院养殖和小而全的管理方式，进鸡、用料、污物处理、免疫制度等杂乱无章，缺乏统一的行业管理，疾病交叉感染，养鸡户对鸡综合保健意识淡薄，卫生防疫意识差。同时大环境不断变化，鸡场或鸡舍周边的大环境被病源严重污染，病源从地表、空气、各种媒介物全方位传播，流行性疾病不断发生，已造成的损失或潜在的危险非常严重。为此，防疫体系实际运作效果有待改善。
(1)加强兽医防疫体系与行业互相协调  行政性质较强的兽医防疫体系同完全市场化的行业很难完全的配套与协调，因而缺乏同市场机制和行业规律相协调的管理机构，政府多年来投入的资金使用效果有明显的改进空间。
(2)全国统一的疫病防治系统尚待建立  鸡蛋是全国流通的商品，但目前尚缺乏一个基于自然条件和社会条件、生物安全条件基础上的全国统一规划，管理制度缺失，进而导致疫病防控扑杀补偿政策存在一定程度和一定范围的不合理。
(3)从疫情报告、疫苗研制到推广防治的周期过长  鸡群早期感染得不到控制，细菌病泛滥，形成巨大的生物安全隐患。
(4)配套的服务体系缺乏生物安全概念和责任意识  政府监控管理尚不到位，饲料、送料车、鸡蛋包装箱、运蛋车、运鸡车都是造成疾病传播的途径。
(5)免疫程序、疫苗使用不当  滥用抗生素和违禁药，无抗体监测手段等问题，也亟待改善。
4. 养殖效益较低。养殖户面临的市场风险大
目前，我国打蛋机养殖的成本较高，而收益相对较低，虽然近年来我国打蛋机的成本收益率在逐步提高，但仍然处于较低的水平，2008年成本收益率仅仅达到8.14%。
近年来，随着市场化程度的推进，以及国际市场的日益竞争激烈，鸡蛋价格波动的不确定性已成为影响整个产业稳定发展和打蛋机饲养户收入水平的重要因素。根据相关统计资料分析，1995年－1999年，鸡蛋价格在大幅度波动的同时快速下降；1999年后，鸡蛋价格波动至较低水平，从长期来看，鸡蛋价格趋于稳定，但从短期来看，鸡蛋价格仍在较低水平上大幅度波动。目前，我国鸡蛋需求趋于饱和，广大农户盲目上马，导致打蛋机养殖者竞争加剧，打蛋机生产者处于微利或亏损的境地，从而引发了在需求稳定情况下的供给增加，促使鸡蛋市场价格快速下降；并且由于打蛋机养殖过程中面临着较大的疾病风险，在我国农村地区很难做到全面防疫与科学防疫，导致生产不稳定性增强，最终导致鸡蛋市场价格的波动风险，不利于打蛋机产业的稳定和发展，也不利于消费者的长远利益。
5. 鸡蛋质量潜在安全问题突出
我国畜禽饲料中滥用抗生素、化学合成药物、砷制剂等生长促进剂，造成危害人畜健康和食品安全的事件多次发生。在打蛋机生产过程中，除了应严格禁止使用国家严禁使用的各种兽药；严禁将抗生素、有机砷制剂等有毒有害物质作为饲料添加剂使用；严格遵守国家有关屠前停药期的规定，以免药物残留超标，还应该加快完善我国无公害标准，虽然已经制定了部分标准(部分地区制定了打蛋机饲养技术规范、兽医防疫准则等)，但尚不完善。我国应借鉴发达国家打蛋机生产工艺及技术、有毒有害成分检测技术、兽药使用法规与标准、产品标准等，进一步完善我国的有关标准和法规，尽快在条件成熟的省份和企业，建立我国鸡蛋产品可追溯体系。
鸡蛋产品可追溯网络平台技术系统构建：该系统包括饲养场、淘汰鸡加工厂和鸡蛋销售与物流环节等多个可追溯生产、流通环节。结合已颁布的国家或行业养殖、饲料、疫病防治、环保和加工等生产链中的各项规范，根据安全生产质量监控可追溯系统的原理，从蛋种鸡开始溯源，按生产链逐级标志编码，依托网络技术与定位技术对产品进行静态与动态检测，通过计算机网络进行“逆向追溯”来获取所消费鸡蛋产品的相关信息。一旦发生食品安全事件，还可从产品生产端进行“正向追溯”，获取产品生产、销售与分布信息，以作出快速反应并及时处理。
6. 缺乏鸡蛋批发和零售专业市场
虽然整个打蛋机产业产量仍有增长，但我国城镇居民及农村居民的鸡蛋及鸡蛋制品消费在2000年后却基本保持稳定，几乎没有任何增长。这充分说明，我国鸡蛋消费市场已趋于饱和，鸡蛋消费量随产量及市场价格的波动而调整。根据产业生命周期理论和产业战略理论，对于经过快速成长的产业进入“平台期”后，应积极利用相关产业政策工具，研究转型期产业的发展战略，以促进和保持产业稳定快速发展。